Références
Auteurs : Hansen, S.B., Sulzenbacher, G., Huxford, T., Marchot, P., Taylor, P., Bourne, Y.
Publication :
"CRYSTAL STRUCTURE OF APLYSIA CALIFORNICA ACHBP IN COMPLEX WITH ALPHA-CONOTOXIN IMI"
in The EMBO journal 2005 nº24
pages 3635-46 PubMed
Source : PDB Identifiant : 2byq
Classification
Organisme d'origine : Aplysie
Catégorie :
organique >
protide >
protéine >
récepteur >
neurotransmetteur >
Complexe entre une substance paralysante, l'épibatidine et un récepteur à l'acétylcholine, l'AchBP
Description
Ce modèle présente un complexe entre l'épibatidine et l'AchBP. Cette dernière est une protéine homologue à la partie extracellulaire du récepteur nicotinique. Elle est utilisée comme modèle pour étudier la fixation de différents ligands.
L'épibatidine (extraite de la peau de la grenouille équatorienne Epipedobates tricolor) est une substance agoniste des récepteurs à l'acétylcholine pour lesquelles elle possède une très forte affinité. Substance analgésique lorsqu'elle se fixe sur les récepteurs nicotiniques, elle a un effet paralysant en se fixant sur les récepteurs muscariniques. Ce double effet (analgésique et toxique) empêche son utilisation pharmaceutique.
Dans ce modèle, l'AchBP se présente sous la forme d'une molécule constituée de cinq chaînes identiques (homopentamère), identifiées A à E.
Cinq molécules d'épibatidine (identifiées EPJ) sont fixées l'AchBP au niveau des sites de liaison de l'acétylcholine de chaque chaîne.
Figure 1 : les 5 chaînes de l'AchBP en vue polaire, affichées en "spaghetti". Les molécules d'épibatidine sont en sphères.
Sur le complexe présenté ici, les molécules d'épibatidine se trouvent enroulées dans le domaine de fixation à l'acétylcholine.
Figure 2 : les 5 chaînes de l'AchBP en vue latérale, affichées en "spaghetti". Les molécules d'épibatidine sont affichées en sphères, dans le site de fixation refermé par une boucle.
Figure 3 : détail du complexe. La chaîne d'AchBP est affichée en "spaghetti". La fermeture du site de fixation à l'acétylcholine peut être visualisée par les acides aminés Trp147 et Cys 190 repérés en jaune. L'épibatidine est en sphères
L'épibatidine a une action stimulatrice (agoniste) sur le récepteur nicotinique. On peut supposer qu'en entraînant une fermeture du domaine de fixation, elle conduit au changement de conformation de la partie transmembranaire du récepteur : l'ouverture du canal ionique aboutissant au signal nerveux.
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