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Première publication : 08/06/2012 - Dernière mise à jour : 16/01/2013
Contribution réalisée par : Paul PILLOT

Complexe entre un curare (d-tubo-curarine) et un récepteur à l'acétylcholine, l'AchBP

Références

Auteurs : Brams, M., Pandya, A., Kuzmin, D., Van Elk, R., Krijnen, L., Yakel, J.L., Tsetlin, V., Smit, A.B., Ulens, C.
Source : PDB Identifiant : 2xyt
Modification :Le modèle d'origine contenait 2 molécules d'AchBP. Les molécules d'eau ont été supprimées. La d-tubocurarine a été identifiée par TBC au lieu de TC9 pour assurer la sélection avec RasTop

Classification

Organisme d'origine : Aplysie
Catégorie :
organique > protide > protéine > récepteur > neurotransmetteur > Complexe entre un curare (d-tubo-curarine) et un récepteur à l'acétylcholine, l'AchBP

Description

Ce modèle présente un complexe entre un curare, la d-tubocurarine et l'AchBP. Cette dernière est une protéine homologue à la partie extracellulaire du récepteur nicotinique. Elle est utilisée comme modèle pour étudier la fixation de différents ligands.

Dans ce modèle, l'AchBP se présente sous la forme d'une molécule constituée de cinq chaînes identiques (homopentamère), identifiées A à E.
Deux molécules de tubocurarine (identifiées TBC) sont fixées l'AchBP au niveau des sites de liaison de l'acétylcholine des chaînes B et D).

complexe entre achbp et d-tubocurarineFigure 1 : les 5 chaînes de l'AchBP en vue polaire, affichées en "spaghetti". Les molécules de tubocurarine sont en sphères.

 

Sur le complexe présenté ici, les molécules de d-tubocurarine augmentent l'ouverture du domaine de fixation à l'acétylcholine.

vue du complexe entre une chaîne d'achbp et une molécule de d-tubocurarineFigure 2 : détail du complexe. La chaîne d'AchBP est affichée en "spaghetti". L'ouverture du site de fixation à l'acétylcholine peut être visualisée par les acides aminés Trp145 et Cys 188 repérés en jaune. La d-tubocurarine est en sphères

 

La d-tubocurarine a une action inhibitrice (antagoniste) sur le récepteur nicotinique. On peut supposer qu'en maintenant le domaine de fixation en configuration ouverte, elle bloque le changement de conformation de la partie transmembranaire du récepteur, empêchant la transmission du signal nerveux. À la différence d'autres neurotoxines de type peptidique (conotoxine ou cobratoxine) la d-tubocurarine est de faible dimension et possède une séléctivité réduite car elle est active sur de nombreux autres types de récepteur de la même famille (récepteurs à la séronotine, à la glycine,...). Selon les auteurs de ce modèle, cette propriété est due au faible de nombre de contacts hydrophobes qu'établi cette molécule avec le site de liaison.

Visualisation en ligne

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    Chaîne Séquence
    Phylogène
    Anagène
    A
    QANLMRLKSDLFNRSPMYPGPTKDDPLTVTLGFTLQDIVKVDSSTNE...
    B
    QANLMRLKSDLFNRSPMYPGPTKDDPLTVTLGFTLQDIVKVDSSTNE...
    C
    QANLMRLKSDLFNRSPMYPGPTKDDPLTVTLGFTLQDIVKVDSSTNE...
    D
    QANLMRLKSDLFNRSPMYPGPTKDDPLTVTLGFTLQDIVKVDSSTNE...
    E
    QANLMRLKSDLFNRSPMYPGPTKDDPLTVTLGFTLQDIVKVDSSTNE...
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