Afin d'assurer une veille scientifique, comment interroger les banques de données moléculaires : Liste des banques scientifiques ou (nouveau site) http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/Welcome.do Recherche de nouveaux modèles sur la PDB - Assurer une veille régulière et repérer les nouveautés, notamment la molécule du mois
- Deux modalités de recherche sont proposées :
- Recherche en utilisant des mots clés,
- Recherche en suivant une arborescence.
- Menu de recherche en mode simple
- All (en texte entier)
- PDB ID or keyword (en utilisant le code pdb ou les mots clés en anglais)
- Exemple : hemoglobin
- Exemple : DNA and not RNA
- Exemple : carboxypeptidas
- Web Pages (pages html faisant référence à un modèle pdb)
- Author (si à partir d'une publication, on a un auteyr référent alors ... une liste d'auteurs est proposée dès les premières lettres)
- Search(pour lancer la recherche)
 - All
- Keyword phrase
- Exemple : "Keyword phrase" étant choisi on recherche un oncogène (oncogen)
- Search scope (plein texte)
- Autres recherches avancées :
- Recherche à partir d'une séquence : si on cherche un modèle dont on connaît la séquence au format FASTA (code 1 ou 3 lettres), le moteur de recherche peut vous proposer un ou plusieurs modèles...
- Recherche d'un modèle pouvant contenir un ligand ou un groupement prosthétique...
- Exemple : une hétéroprotéine contenant un hème
- Exemple : une protéine contenant un ion Zn (sélectionner l'option More puis chercher dans la table des éléments le Zn)
- La recherche propose un outil de construction du ligand ...
- Recherche dans une arborescence
- Recherche par fonction biologique (Biological process)
- Exemple : Physiological process puis metabolisme puis catabolisme puis ... choisir le modèle dans une liste
- Exemple : Viral life cycle
- Exemple : Reproduction puis sexual reproduction ...
- Recherche par fonction moléculaire (Molecular function).
- Exemple : sélectionner "motor activity" puis "microtubule motor activity" puis Dynein ou Kynesin etc.
- Exemple : séléctionner l'option "cancer" avant d'accéder à l'option "colon cancer" etc. (une autre possibilité écrire colon cancer et cliquer sur Find in Tree)
- Recherche par compartiment cellulaire (Cellular component)
- Exemple : Envelope (Enveloppe) puis Cell envelop etc.
- Recherche des enzymes (Enzyme classification)
- Exemple : Hydrolase puis Peptide hydrolases etc.
- Recherche par organisme (Source organism)
- Recherche par les implications médicales (Disease)
- Exemple : Nutritional and metabolic disease puis Human obesity protein, leptin puis le modèle 1AX8 par exemple
- Exemple : Nutritional and metabolic disease puis "Diabetes, type 1" etc.
- Recherche par la localisation du gène (Genome location)
- Exemple : Homo sapiens puis chromosome Y puis le gène SRY puis le modèle 1J46 ou le modèle 1J47
- Recherche en utilisant la classification SCOP ou CATH
- Exemple : écrire "angiotensin" puis cliquer sur "Find in Tree" etc.
Recherche de nouveaux modèles sur Klotho A suivre ...
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