Afin d'assurer une veille scientifique, comment interroger les banques de données moléculaires :

Liste des banques scientifiques

• PDB (ancien site) http://www.rcsb.org/pdb/
  

ou (nouveau site) http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/Welcome.do

• Klotho http://www.biocheminfo.org/klotho/

Recherche de nouveaux modèles sur la PDB

• Tutoriel en ligne sur la PDB (VO) http://pdbbeta.rcsb.org/pdbstatic/tutorials/tutorial.html
• Aide à la recherche sur la PDB (VO) http://pdbbeta.rcsb.org/robohelp_f/#search_database/how_to_search.htm

• Assurer une veille régulière et repérer les nouveautés, notamment la molécule du mois
  
• Voir les molécules du mois http://www.rcsb.org/pdb/molecules/molecule_list.html

• Deux modalités de recherche sont proposées :
• Recherche en utilisant des mots clés,
  
• Recherche en suivant une arborescence.
  

• Menu de recherche en mode simple

• All (en texte entier)
  
• PDB ID or keyword (en utilisant le code pdb ou les mots clés en anglais)
• Exemple : hemoglobin
• Exemple : DNA and not RNA
• Exemple : carboxypeptidas
  
• Web Pages (pages html faisant référence à un modèle pdb)
  
• Author (si à partir d'une publication, on a un auteyr référent alors ... une liste d'auteurs est proposée dès les premières lettres)
  
• Search(pour lancer la recherche)
  

• Recherche en mode avancé

• All
• Keyword phrase
• Exemple : "Keyword phrase" étant choisi on recherche un oncogène (oncogen)
  
• Search scope (plein texte)
  

• Autres recherches avancées :
• Recherche à partir d'une séquence : si on cherche un modèle dont on connaît la séquence au format FASTA (code 1 ou 3 lettres), le moteur de recherche peut vous proposer un ou plusieurs modèles...
• http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/search/searchSequence.do
  
• Exemple : on peut rechercher le modèle, s'il existe, d'une séquence mutée d'une protéine humaine comme la phénylalanine hydroxylase phe21
• Recherche d'un modèle pouvant contenir un ligand ou un groupement prosthétique...
• Exemple : une hétéroprotéine contenant un hème
• Exemple : une protéine contenant un ion Zn (sélectionner l'option More puis chercher dans la table des éléments le Zn)
  
• La recherche propose un outil de construction du ligand ...
  

• Recherche dans une arborescence

• Recherche par fonction biologique (Biological process)
  
• Exemple : Physiological process puis metabolisme puis catabolisme puis ... choisir le modèle dans une liste
• Exemple : Viral life cycle
• Exemple : Reproduction puis sexual reproduction ...
  
• Recherche par fonction moléculaire (Molecular function).
• Exemple : sélectionner "motor activity" puis "microtubule motor activity" puis Dynein ou Kynesin etc.
• Exemple : séléctionner l'option "cancer" avant d'accéder à l'option "colon cancer" etc. (une autre possibilité écrire colon cancer et cliquer sur Find in Tree)
  
• Recherche par compartiment cellulaire (Cellular component)
• Exemple : Envelope (Enveloppe) puis Cell envelop etc.
  
• Recherche des enzymes (Enzyme classification)
• Exemple : Hydrolase puis Peptide hydrolases etc.
  
• Recherche par organisme (Source organism)
• Recherche par les implications médicales (Disease)
• Exemple : Nutritional and metabolic disease puis Human obesity protein, leptin puis le modèle 1AX8 par exemple
• Exemple : Nutritional and metabolic disease puis "Diabetes, type 1" etc.
• Recherche par la localisation du gène (Genome location)
• Exemple : Homo sapiens puis chromosome Y puis le gène SRY puis le modèle 1J46 ou le modèle 1J47
  
• Recherche en utilisant la classification SCOP ou CATH
• Exemple : écrire "angiotensin" puis cliquer sur "Find in Tree" etc.
  

Recherche de nouveaux modèles sur Klotho

A suivre ...